В 1990-е годы в связи со строительством автотракторного завода начато сооружение Елабужской ТЭЦ. Строительству тракторного завода не суждено было завершиться. Однако вложенные денежные средства и очень удачное расположение Елабуги не позволили полностью провалиться этому проекту. Но и это начинание было остановлено из-за сложного положения в государстве и отсутствия достаточного финансирования. Руководство завода было вынуждено самостоятельно искать выход из этой ситуации. К этому времени уже был построен станкоинструментальный завод наряду с некоторыми другими подразделениями ЕлАЗа. Был накоплен ценный опыт строительства фирмой "ЕлАЗстрой". В результате огромной работы было найдено решение, которое открыло возможность привлечения денежных средств на строительство Елабужского автомобильного завода. Продолжалось и строительство ТЭЦ. В 1998 году на Елабужской ТЭЦ введены водогрейные котлы N1, 2 типа кВГМ-180.
Руководство Татарстана продолжало поиск оптимального использования производственных мощностей Елабужской промышленной площадки. Наиболее крупным вводом 2001 года в энергосистеме Татарстана становится пуск пиковой котельной в городе Елабуга с двумя мощными водогрейными котлами.
Директором Елабужской ТЭЦ в 1987 году стал Валерий Зотов. Он в 1972-1977 годы работал энергетиком, начальником участка, заместителем главного механика строящегося Камского автомобильного завода (Набережные Челны). В 1977-1986 годы В. Н. Зотов - начальник отдела оборудования, начальник электрического цеха, заместитель директора по общим вопросам, заместитель главного инженера Нижнекамской ТЭЦ-2, в 1986-1987 годы - заместитель главного инженера по строительству ТЭЦ в Набережных Челнах.
Некоторое время ТЭЦ осуществляла обслуживание четвертого микрорайона города Елабуги, затем этот объем работ был передан ПТС, сегодня предприятие обеспечивает лишь промплощадку. Остальные мощности станции законсервированы. Из-за чрезвычайно низких нагрузок и сезонности работы себестоимость вырабатываемого тепла на Елабужской ТЭЦ очень высока. Один из вариантов решения этой проблемы - внедрение газотурбинной технологии. На предприятии уделяется много внимания вопросам бесперебойной работы, качества проводимого ремонта, контроля над экологической обстановкой.
В 2006 году директором Елабужской ТЭЦ назначен бывший руководитель предприятия Елабужских электрических сетей Сирень Газизьянов.
Перспективы Елабужской ТЭЦ связаны с образованием свободной экономической зоны "Алабуга". На уровне правительства РТ решается вопрос привлечения инвестиций в объекты энергетики города. Среди первоочередных мер по обеспечению энергомощностями СЭЗ постройка дополнительных подстанций, ЛЭП, расконсервация Елабужской ТЭЦ.
