Алексей Александрович Самойлов является автором и соавтором целого ряда научных работ и статей по широкому кругу проблем и вопросов. В число избранных книг и публикаций входят следующие работы:
Книги
* "Глобальное управление: Поиск новых смыслов". Институт политики и деловых коммуникаций, 2010
* "Взаимосвязь глобализации и модернизации: обстоятельства места и времени". Интердиалект, 2010
* "Международные отношения между инновациями и стагнацией". Научное издание, 2009
Статьи
* "Земельные ресурсы мира"
* "Энергетическое притяжение Арктики: геополитическое измерение"
* "Развитие института экологических прав и обязанностей"
* "Инновационный тип развития корпораций"